故事讲述的是从东京都西部被分割出来的这座都市中，“超能力开发”被列为学校课程的一部分（学生作为人体科学实验对象）。在二百三十万人口中，有八成都是学生，所以被称为学园都市。他们每天都在超能力开发上进行相互竞争。根据能力高低不同，可以分为6级，从无能力（level 0）到超能力（level 5）。故事的主角上条当麻是学园里的一个无能力者，但并非完全没有能力，他的能力是能够将一切异能之力无效化。他只有右手能够使用这种能力，还给自己的这种连上帝的奇迹都能抹杀的能力取名为“幻想杀手”。而正因为他的右手似乎把神的祝福

优等生村雨纯夏从中学开始就喜欢上了自己的亲友风间汐，然而一直未能传达心意，她陷入了苦恼中。这时，个性丰富的少女们渐渐集结在两人周围：食欲旺盛的军乐队部员鸟追，少女时尚杂志的模特朱宫正树，以及连贺与当麻这对死党等。在某个风和日丽的日子，少女们决定创建一个“放学后能让女孩们开心度过的社团”……？

阳光突然强烈，气温急剧升高，新宿陷入异常的热浪中。诡异的黑人姆卡拉出现，其巨大的破坏力竟为五人所不能敌，而且，他竟拥有与辽的白色盔甲相同的黑色辉煌帝。五人欲以白色盔甲应对，但伸因仿佛感觉到了什么而犹豫，导致辽和征士被黑色盔甲带走。辽、征士的不知所踪，伸与秀、当麻打架而出走、迷失，一直以来同生死共患难的他们，遇到了前所未有的危机。在非洲原始部落神秘美丽的土地上，他们第一次发现了被人类当做保护神数千年的的盔甲的真实面目，并以最纯洁高尚的心，粉碎了全部的盔甲。