故事背景发生在日本战国丰臣秀吉时代过去之后，德川幕府时代确立之前群龙无首的时代。作为决定天下大战关原之战，一方是作为丰臣秀吉老臣的石田三成；另一方，德川家康正召集人马为统一全日本而进行着谋划……为了为崇拜的主人复仇，石田三成只身前往奥州进攻，欲杀死仇人伊达政宗。另一方面，德川家康正集结同伴为了日本统一而努力。伊达政宗则因受了石田的煽动，石田军的暴虐，决意讨伐石田。德川与共同协力夺取天下的真田幸村——日本因为德川与石田再坠乱世！一带统治的毛利家家主。为了安芸的安宁不惜牺牲士兵的生命，是个冷酷的算计谋略家。在

某一天，一颗陨石坠落地球，引发不可思议的时空扭曲。穿越时空隧道出现的，是来自40年后的未来假面骑士波塞冬（滨田贤二 饰）。与其它伙伴相比，这是一个好战求胜的战争狂，他发誓要打败所有现代的假面骑士。以此为契机，火野映司（渡部秀 饰）、后藤慎太郎（君岛麻耶 饰）和伊达明（岩永洋昭 饰）暂时告别普通人生活，挫败波塞冬的野心，并救回失踪良久的安库（三浦涼介 饰）。与此同时，邪恶组织财团X利用陨石带来的宇宙生命之种展开邪恶计划。为了保卫地球和宇宙，史上最强大的假面骑士部队集结于此……本片为假面骑士系列40周年纪念作

故事发生在日本群雄割据的战国时代。当时比较有实力的武将们以成就天下霸业为目标，导致在日本全国持续不断地发生着大大小小的战役。这其中包括了甲斐的武田信玄、真田幸村；越后的上杉谦信；近江的浅井长政；安芸的毛利元就；土佐的长曾我部元亲；三河的德川家康……这是一个不折不扣的乱世。 由武将们挑起的的战火席卷全国……

在黄昏雪中的某个教会，伊达京介被不知被什么人袭击即将断气的母亲亲手刺中心脏——这就是一切的开端。被误认为死去而被埋葬的京介，被美少女岬真夜从墓中掘出，而真夜却又被拥有世界级科技水平的大型跨国企业桐原集团绑架，京介自己也被神秘的变异人组织Hospital的刺客袭击。在陷入窘境的京介面前又出现了神秘男子壬生士郎，他告诉了京介出生后就被分开的双胞胎妹妹，以及她的分身Flicker的存在，而真夜即是Flicker中的一个。母亲的死和妹妹的谜团萦绕在京介脑中不知其解。为了救出真夜，京介与士郎一同闯进了桐原集团的海上